2005年2月,經(jīng)國務院學位辦批準,大連海事大學成為工商管理碩士(MBA)、公共管理碩士(MPA)和法律碩士(J.M)三個專業(yè)學位碩士研究生培養(yǎng)單位。2005年3月,學校分別成立了以上三個專業(yè)學位教育中心。進入2006年,為進一步整合學校教育資源,強化對專業(yè)學位教育的管理,促進教育培養(yǎng)工作的開展,打造國內(nèi)一流的MBA、MPA和J.M品牌,學校研究決定成立專業(yè)碩士學位教育中心,后更名為專業(yè)學位教育學院。2011年,法律碩士教育中心由專業(yè)學位教育學院調整至法學院;同年3月,交通運輸部管理干部學院和大連海事大學合作共建北京研究院,掛靠專業(yè)學位教育學院。專業(yè)學位教育學院是大連海事大學的二級教學單位,全面負責交通運輸行業(yè)高層次人才的專業(yè)學位研究生教育和培養(yǎng)工作,是我校培養(yǎng)交通運輸領域高級管理人才的重要基地與窗口。學院設招生與市場開拓部、培養(yǎng)與學位管理部及辦公室三個部門,全面負責大連海事大學MBA、MPA教育的招生、培養(yǎng)、學生管理工作。學院獨特的辦學模式受到全國MPA教育指導委員會高度評價:“大連海事大學成立的專業(yè)學位教育學院,辦學體制獨特,發(fā)揮了科學管理的優(yōu)勢,有效地整合了學校優(yōu)勢學科與師資資源”。截止2015年9月底,學院現(xiàn)有專業(yè)學位碩士研究生826名,其中工商管理碩士(MBA)441名、公共管理碩士(MPA)385名,畢業(yè)生2500名。